Ce manga parle de la relation de trois couples en particulier. Ces trois histoires sont plus ou moins liées, certains personnages se connaissant : Usagi-san est l'ami d'enfance d'Hiro-san qui est l'assistant de Miyagi et ils travaillent tous les deux à l'université où étudie Misaki, et où Shinobu apparaît de temps à autre. De plus, dans l'animé, souvent de petites apparitions de l'un ou l'autre des personnages se fait sans forcément qu'on le remarque. Les trois couples sont classés ainsi en trois histoires différentes: Junjou Romantica, Junjou Egoïst et Junjou Terrorist. Il s'agit d'un manga rempli d'humour et de remises en questions des personnages.

Sekaiichi Hatsukoi retrace l'histoire de trois couples (deux sont abordés dans le mangas et le troisième est présenté sous forme de romans). Certains des personnages se connaissent entre eux et tous ont pour point commun l'édition et les livres en général.

Deux ans avant le début de l’animé Ritsuka perd la mémoire et change de personnalité. Sa mère a du mal à accepter la situation et seul son frère lui apporte du réconfort. Mais son frère est tué mystérieusement : probablement par un membre des « sept lunes ».

Il est transféré dans une nouvelle école où il se fait quelques amis. Mais surtout il est abordé par Agatsuma Sōbi qui lui apprend à être un ami de son frère et très vite ils sont attaqués par deux membres des « sept lunes ».

Sōbi devient le « combattant » de Ritsuka qui est de ce fait « le sacrifice ». Sōbi avoue être amoureux de Ritsuka et qu'il donnerait sa vie pour lui. Seimei, le frère de Ritsuka, lui a ordonné de devenir le combattant de Ritsuka.

Norio croyait connaître le monde dans lequel il vivait. Mais un accident lui fait découvrir des choses qu’il n’aurait jamais imaginées… Ce garçon d’apparence plutôt ordinaire, obtient subitement des attentions aussi romantiques qu’indésirables d’hommes appartenant à une nouvelle « race mêlée »*, dont les membres sont classés par ordre de rareté et de désirabilité. Il s’avère que Norio est particulièrement convoité...

Aujourd'hui est un grand jour pour Mira : c'est son premier jour de lycée. Mais à cause d'un certain Kyousuke qui en plus d'être son père, est aussi son amant, il arrive en retard pour la cérémonie de rentrée. Après avoir réussi tant bien que mal à trouver sa nouvelle classe, il découvre qu'il est dans la même classe que son meilleur ami Kazu et que Shun, son autre ami d'enfance. Et c'est à ce moment que Kyousuke fait une entrée fracassante dans son école. En effet Kyousuke est un acteur célèbre, adulé de ces dames et partout où il passe c'est l'hystérie collective. Et la vie pour Mira est bien difficile. Comment concilier sa vie amoureuse quand son amant n'est autre que son propre père et que toute les femmes lui courent après ? Et qui est donc cette Utsunomiya Mitsuki dont toute la presse annonce le mariage avec Kyousuke ?

Au Japon, de nos jours, un jeune homme nommé Shūichi rêve de devenir la plus grande pop star de son pays, suivant ainsi l’exemple de son idole, le leader du groupe Nittle Grasper, qui provoqua un véritable phénomène avant que ses trois membres ne se séparent. Son ami Hiro, guitariste, et lui-même forment leur propre groupe de techno/pop/rock (l’auteur définit leur genre comme techno à la base mais avec beaucoup d’autres choses) « Bad Luck ». Mais voilà que Shūichi est en mal d’inspiration, et qu’il rencontre Yuki, un écrivain à la mode qui l’enfonce. Shūichi prend aussitôt la mouche et part en croisade. Dès lors, une relation tout aussi fusionnelle que chaotique se met en place, tandis que parallèlement la carrière artistique de Shindo décolle, puisque qu’il signe un contrat professionnel avec N-G, maison de production dirigée par un ancien "Nittle Grasper" Dans le monde du showbiz, les relations amoureuses ne sont pas des plus faciles à vivre, surtout lorsqu’elles sortent de l’ordinaire…

Sora revient dans son lycée pour garçons après une semaine d'absence. Il a passé quelques jours a l'hôpital après une chute de 3 étages. Il a une perte de mémoire concernant son accident et les quelques jours le précédant. Son retour à l'école coïncide avec l'arrivée de Sunao, un ami d'enfance qu'il n'a pas revu depuis des années et que Sora a complètement oublié. Ils se rendent rapidement compte qu'ils ont tous les deux développés une seconde personnalité et que ces doubles personnalités sont amoureuses l'une de l'autre.

Chisato, 35 ans, écrivain célibataire, est un papa poule qui tente par tous les moyens de protéger son fils, Riju de tout un tas de prétendants. Il a beau les traiter comme des insectes, ceux-ci finissent toujours par revenir. Parmi cette bande de jeunes, les amis de Riju, figure un certain Shunsuke, sans doute son ami le plus fidèle mais aussi le prétendant le plus agaçant pour Chisato. Il lui en fait voir de toutes les couleurs et s'accroche comme un forcené à Riju.

Kirepapa est une histoire drôle et émouvante, entre un père et son fils et entre une relation impossible.

Au cours de la fin de la période Tokugawa, les tensions entre les clans Bakufu et Choshu sont de plus en plus à la hausse en raison des discussions sur la façon de traiter avec des étrangers au Japon.
Toutefois, contrairement au reste du clan Choshu qui souhaite voir le Japon rester tel qu'il est, Kusaka Touma souhaite grandement voir son pays développer de bonnes relations avec les nations étrangères. Pour ce faire, il tente d'apprendre l'anglais en cachant ses ambitions à son clan.
Un homme du nom de Akizuki Keiichirou, membre du clan opposé à celui du jeune Kusaka, décide de devenir le professeur de celui-ci, mais leur relation se développe rapidement en quelque chose de plus fort, malgré le fait qu'ils soient supposés être ennemis.

Depuis qu'il est petit, Arimasa a toujours été rejeté par les autres. En effet, dans ses veines coule le sang des renards, héritage de sa mère, ce qui lui confère certains pouvoirs spirituels. Devenu adulte, Arimasa est devenu le chaman responsable de la protection de la ville de Kamakura. Accompagné de son apprenti aux étranges yeux rouges, il débarrasse la ville des esprits et des démons qui essayent de l'envahir. Mais depuis quelques temps, d'étranges phénomènes d'ordre spirituel se produisent et une nuit, un des dirigeants de la ville est assassiné. Étrangement, le meurtrier ressemblait comme deux gouttes d'eau à Arimasa...

Les hommes sont divisés en castes sociales selon leur couleur de cheveux. Au sommet se trouvent les blondies, humains parfaits génétiquement créés par Jupiter, qui contrôle la planète, pour régner sur les classes faibles. Ils sont servis par les Meubles qui sont des hommes castrés, existant pour exécuter leurs moindres désirs, et pour s'occuper de leurs Animaux, jeunes androgynes des deux sexes qui servent d'œuvre d'art représentant le statut de leurs maîtres respectifs. Ces Animaux sont génétiquement fabriqués et reproduits comme le seraient des chiens de luxe, et vendus très cher selon leurs gènes. Ils s'engagent selon les souhaits de leur propriétaire dans des sex-soirées où le but est d'exposer leur insatiable soif de sexe (qui fait la qualité d'un Animal) en copulant entre eux sans le moindre tabou, pour le plaisir visuel des élites.

Iason Mink, un des élites de cette caste dominante, croise Riki, un Mongrel aux cheveux noirs, bâtard des bidonvilles, alors qu'il est en situation délicate. Le blondie le sort inexplicablement d'affaire et tire sa révérence, mais Riki, qui a été élevé dans l'honneur et la liberté totale, le rattrape et veut absolument le rembourser, car l'idée d'avoir une dette lui est insupportable. Il n'a que son corps à offrir, et emmène Iason dans un hôtel. Mais au lieu de lui faire l'amour comme Riki le pensait, Iason, sans même retirer ses gants, s'amuse avec lui, puis disparait. Un beau jour, on offre inexplicablement un excellent travail à Riki qui parvient, malgré ses honteuses origines, à s'élever un peu dans la hiérarchie par la force de son caractère et à se faire un nom en tant que coursier inter-galactique. Jusqu'au jour où ses beaux espoirs d'une meilleure vie sont réduits à néant : Iason Mink réapparaît dans sa vie, et l'emmène à Tanagura, la tour des élites, pour y devenir son Animal. Bien malgré lui, il déclenche un tollé dans cette société bien établie où il est trop vieux pour être un Animal, et de trop mauvaise origine pour un blondie aussi puissant que Iason… d'autant plus que ce dernier ne l'envoie jamais à aucune sex-soirée, mais des suçons et autres preuves d'amour demeurent sur le corps de Riki. Cela donne lieu à d'inimaginables rumeurs qui vont ébranler ce monde parfaitement structuré jusque dans ses plus profondes fondations…

Ewon Jung, un jeune étudiant, trompe son petit ami Jiho Shin. Mais pas de chance: ce dernier découvre le pot aux roses! Afin d'expier sa faute, Ewon va devenir "l'esclave" du nouveau boyfriend de Jiho: Mookyul, qui fait partie de la mafia coréenne!